Суперзвезды Нью-Йоркского зоопарка по недоразумению попадают на экзотический остров, в лоно дикой природы, абсолютно для них незнакомой. В своеобразном реалити-шоу «Последний герой» вынужденно принимают участие бывшие знаменитости шоу-бизнеса: зарвавшийся лев Алекс, истеричная зебра Марти, гламурная гиппопотамиха Глория и ипохондрик жираф Мелман. Чтобы горе-туристам не было скучно, к ним присоединяются ненормальные тусовщики-лемуры и чокнутые пингвины, которые постоянно плетут клубок заговоров...
Узники, сбежавшие из нью-йоркского зоопарка в первой части проекта, не стали долго засиживаться на Мадагаскаре, куда их прибило течением. Но далеко удрать на самолете без двигателя им не удалось: пингвины, лев, зебра, жираф и самка бегемота оказались на Черном континенте, исторической родине большинства из них. Здесь бегемотиха Глория станет объектом внимания шикарного гиппопотама Мото Мото, а царь зверей Алекс будет вынужден доказывать своей незнакомой с городским комфортом родне, что он не тряпка.
Четверо друзей, вкусив африканских страстей, вознамерились все-таки вернуться домой, в свой нью-йоркский центральный зоопарк. Но без предприимчивых пингвинов, которые отправились покорять Монте-Карло, им не справиться. Тогда лев Алекс, жираф Мелман, гиппопотамиха Глория и зебра Марти поехали отрывать любителей азарта от рулеток и автоматов. На свою беду в казино, где обитали пингвины, им встретилась жестокая Шантель Дюбуа, коллекционирующая головы животных. И ей как раз не хватает головы льва, поэтому она не намерена упускать такую возможность. «Мадагаскар 3» — заключительный фильм о приключениях всем полюбившихся героев.