События боевика «Оккупация: миссия „Дождь“» погружают зрителя в межгалактическое сражение, которое разворачивается на планете вот уже два года. Оставшиеся в живых в Сиднее продолжают отчаянные попытки сопротивления. Жертв с каждым днем становится все больше, инопланетное вторжение усиливается, и героем нужно сделать все возможное, чтобы спасти человечество.
Сюжет картины строится вокруг миссии «Аполлон 18». Считается, что этот полет на Луну был отменен, однако «ранее неизвестные документальные» материалы проливают свет на то, что миссия на самом деле не только состоялась, но и привела к обнаружению доказательств существования инопланетной жизни.