Средневековая Ирландия. Двенадцатилетний мальчишка Брендан живет в Келлском старинном аббатстве, окруженном таинственным и манящим лесом. Его дядя и по совместительству настоятель Келлах запрещает мальчишке выходить за пределы монастыря, обеспокоенный набегами норманнов. Все свое время Келлах тратит на постройку высокой и надежной монастырской стены. Однажды из дальних земель в аббатство приезжает мастер Эйдан, лучший в мире иллюстратор книг. Его монастырь был захвачен и разрушен норманнами, но Эйдану удалось спасти свое главное сокровище — незаконченную Книгу, иллюстрации которой удивительно прекрасны.
«Тайна Келлс» — первый мультфильм студии Cartoon Saloon, открывающий ирландскую трилогию Томма Мура.