События фильма разворачиваются в 1946 году. В западных районах Беларуси пособники фашистов терроризируют население. Чтобы поймать главаря банды Фрейшюца, на помощь местной милиции прибывает фронтовик, старший лейтенант Смолич. Пока они ловят бандитов, кто-то сливает важную информацию. Смолич понимает, что в их отделении есть предатель.
«Следы на воде» — военно-историческая драма, основанная на реальных событиях.