Два португальских миссионера, падре Себастьян Родригес и падре Франсиско Гаррпе, отправляются в далекую Японию на поиски своего духовного наставника падре Кристована Феррейры, который, по мнению епископата, отрекся от веры под гнетом Страны восходящего солнца. Феодальная Япония находится во власти самураев, которые всеми путями стремятся истребить христианство на корню. Верующие терпят гонения, общество их порицает. Тех, кто отказывается покориться и отринуть неугодного социуму Бога, ждут нечеловеческие пытки и чудовищная смерть.