Герои фильма «Флаги на башнях» — воспитанники детской коммуны им. Ф. Дзержинского в пригороде Харькова. Именно здесь в 1927-1935 годах вела работу группа преподавателей под руководством известного педагога и писателя А.С. Макаренко. В это время в стране ведется непростая борьба с беспризорностью. Колонисты приходят сюда и добровольно, и в сопровождении милиции. Некоторых приводят сами родители. Макаренко ставит перед ребятами большую, конкретную цель: своими силами построить настоящий завод. Общий подъём захватывает и новичков — Игоря, Ванду, Ваню. Дети любят Макаренко, доверяют ему. Большая доброжелательность, внимание педагога к беспризорникам делают своё дело: в сердцах детей рождается уважение к труду, интерес к жизни.
События фильма разворачиваются в 1945 году. Великая Отечественная война закончилась, но на Западной Украине еще остались приспешники фашистов — бандеровцы, которые не дают спокойно жить мирных селянам. С фронта возвращаются солдаты, начинается восстановление хозяйства и строительство нового моста, а попутно продолжается война — уже с бандеровцами, которые не могут смириться с Великой Победой. «Багряные берега» — военная драма о борьбе с бандеровцами на Западной Украине.