Действие фильма происходит в 1773 году, в самый разгар Крестьянской войны. Емельян Пугачев вместе с другими казаками оказывается в тюрьме за попытки свергнуть царя. Пугачев подбивает казаков на побег, во время которого он знакомится с Прасковьей, крестьянкой, уверяющей, что царь Петр III жив. Емельян решает стать самозванцем и называется Петром Третьим. Под этим именем он снаряжает войско и отправляется на приступ крепости, которая находится в Оренбурге.
Идет война. Советская подводная лодка Т-9 прошла через минные заграждения Северного моря и проникла во вражеский порт. Моряки топят транспортные суда противника, но вскоре узнают, что опоздали, и вражеские войска и вооружения уже сгружены и направлены на фронт. Капитан Костров оказывается в ситуации, когда боевое задание почти невыполнимо, но он должен его выполнить — для него это вопрос чести или бесчестия.
Молодого профессора Антонова неожиданно призывают на военные сборы. По распоряжению начальства, ему предстоит 60 дней провести в казарме, привыкая к боевой обстановке. Тратить столько времени на бесполезные, с точки зрения Антонова, занятия, ему не нравится, но ничего не поделаешь. Антонов отправляется на сборы, что приводит к ряду весьма курьезных и комедийный ситуаций. Комедия Михаила Шапиро «60 дней» была запрещена к советскому прокату, поскольку цензура рассмотрела в фильме пренебрежительное отношение к военной жизни.