Летательный аппарат NASA терпит крушение на одной из отдаленных планет галактики. Пилот корабля успевает вовремя катапультироваться и остается жив. Но обитатели планеты встречают космонавта с большой опаской. Инопланетным аборигенам красивый, рослый парень кажется странным и уродливым пришельцем из невиданной им цивилизации. Корабль починить невозможно. Что ж, надо налаживать контакт! Название мультфильма «Планета 51» отсылает к секретной военной базе США «Зона 51». По некоторым сведениям, там находятся обломки инопланетного корабля, который потерпел крушение в 1947 году в Розуэлле (штат Нью-Мексико).
История 11-летнего Луиса, который подружился с тремя очаровательными инопланетянами, приземлившимися на своей летающей тарелке прямо в его дом. В обмен на то, что Луис помог им найти нужный канал для обратного путешествия, незваные гости спасают мальчика от школы-интерната — так начинаются их совместные приключения.