Курсирующий в пограничных водах корабль СССР обнаруживает, что некое иностранное судно отклонилось от ранее согласованного курса. Команда пограничников была отправлена на выяснение обстоятельств произошедшего. Было установлено, что со стороны иностранного судна был сброшен за борт подозрительный объект, оказавшийся радиобуем. Выяснилось, что данное устройство принадлежит одной из заграничных разведслужб. Факт шпионажа должен быть подтвержден и устранен. Советский военный боевик «Проект „Альфа“» снят режиссером Евгением Шерстобитовым по собственному сценарию.
В 1943 году на оккупированной территории Украины фашистская армия организовывает разведшколу, готовящую будущих диверсантов. Агитационная акция пополняет ряды школы не только немцами, но и предателями — так один из советских военных Кареев становится начальником фашистского учебного центра. Узнав о предательстве, красноармейская разведка под руководством Егора Семина решает совершить диверсию и уничтожить разведшколу. Для этого в стан врага отправляются разведчики, чтобы выкрасть архив документов.
Евгений Ветров, преуспевающий нейрохирург, — абсолютно счастливый человек. Каждое утро он с радостью идет на работу — его обожают сотрудники, боготворят спасенные пациенты, уважает руководство. Каждый вечер после работы он спешит домой, где его ждет красавица-жена, любимая и любящая. Однако в день подписания важнейшего контракта с американскими инвесторами о создании нового медицинского центра жена Ветрова, Ирина, уезжает домой, где неизвестный избивает ее до смерти. Ветров возвращается домой и находит ее в бессознательном состоянии. Поскольку никто не видел настоящего убийцу, сам Евгений становится главным подозреваемым. Под давлением бесспорных улик его быстро осуждают и приговаривают к длительному заключению в колонии строгого режима. И Евгению остается только бежать. Он принимает решение вернуться в Москву, чтобы провести собственное расследование и отомстить...