Пятилетний мальчик Сосукэ живет в доме на утесе на берегу океана вместе с энергичной мамой. Однажды он вылавливает в океане красную рыбку с подозрительно человеческим лицом, сажает в ведерко и называет ее Поньо. Из океана вылезает лохматый господин средних лет в полосатом костюме и забирает Поньо обратно в подводное царство — оказывается, это одна из его дочек. Поньо понравилось у людей, и она решила превратится в девочку. Папа против, но дочка упряма. Разворотив дом, Поньо отращивает себе ручки, ножки и рыжую шевелюру и вылезает из океана, попутно устроив вселенский потоп. На берегу Поньо устраивается жить у Сосукэ, но если она останется среди людей, это плохо кончится...