Действие фильма разворачивается летом 1945 года. Победа одержана, и время собирать камни, но вернуться к мирной жизни оказывается не так уж и просто. В штаб советских войск приходит немецкий лейтенант Рудольф Онезорг, который считает своим долгом ликвидировать последствия минирования сельскохозяйственных полей фашистами. Вместе с советским капитаном Дёминым, немец начинает долгую и опасную работу по обезвреживанию мин. Но помимо этого двум военным людям предстоит преодолеть внутреннюю неприязнь и вражду.
1941 год. Мария Петрова — младший лейтенант и дочь священника, отрекшаяся от отца и от веры. Накануне битвы за Москву героиня встречает знаменитую провидицу, старицу Матрону, которая предсказывает, что победа в войне будет за русским народом. Но чтобы это произошло, необходимо доставить в столицу чудотворную икону Божией матери. Именно это поручено сделать Марии.
Сюжет фильма Веры Сторожевой «Мария. Спасти Москву» основан на легенде о тайной встрече старицы Матроны с Иосифом Сталиным.