В 1994 году в загородном доме обнаружены тела подростков-близнецов — брата и сестры. В числе главных подозреваемых оказывается группа школьников из престижного колледжа. Однако вину на себя берет местный маргинал, и дело объявляется закрытым. Спустя 20 лет папка с «раскрытым» убийством неожиданно попадает на стол к вице-комиссару особого отдела полиции Копенгагена Карлу Мёрку. Вместе со своим напарником он пускается на поиски исчезнувшей свидетельницы былого преступления, дерзко вступая на опасную территорию тайн сильных мира сего.
Подросток-иммигрант Марко Джеймсон становится свидетелем преступных дел своего дяди Золы, который организовал в Дании мафиозный клан. Когда на глазах мальчика дядя убивает человека, Марко сбегает, не желая быть преступником и навсегда остаться в нелегальном поле в этой стране. Мальчика ищут люди его дяди, которые должны вернуть Марко домой, а также комиссар полиции Карл Мьорк, расследующий убийство.
«Мистериум: Эффект Марко» — датский криминальный триллер о подростке, который стал свидетелем жестокого убийства и вынужден скрываться от властей и своих родственников.