Начальник управления мелкой кустарной промышленности Бывалов мечтает о службе в Москве. Он получает распоряжение подготовить к всесоюзному смотру участников художественной самодеятельности. Бывалов считает, что посылать в Москву некого, несмотря на то, что в городе есть два творческих коллектива. В конце концов каждая группа отправляется по Волге в столицу своим путем.
Майор Головко расследует дело об ограблении сберегательной кассы, которое организовала группа грабителей. Среди них оказался рецидивист по кличке Крот, недавно вышедший из мест заключения. При налете на кассу преступники убивают сержанта милиции. Инспектор уголовного розыска Головко решает распространить заведомо ложную информацию о том, что одного из сбежавших преступников задержали и посмотреть, как будут вести себя остальные. Сообщение вызвало панику среди организаторов преступления, что пошло на руку милиции.
Молодой командир Андрей Высотин после окончания военной академии получает назначение на миноносец «Державный». Новоиспеченный капитан корабля встречает своего давнего приятеля Светова, который также является высшим командным чином на Черноморском флоте. Встреча бередит старые раны — когда-то Высотин был влюблен в Свету, которая теперь стала женой Светова. Вновь увидев свою любовь, Андрей понимает, что чувства не остыли. Соперничество двух капитанов выходит за рамки личного и перерастает в противостояние в море.
Приключенческий фильм «Командир корабля» снят по мотивам романа Л. Зайцева и Г. Скульского «В далекой гавани».