Секретный агент Скотт Уилер однажды приходит в себя на подводной лодке ЦРУ где-то в недрах Атлантического океана. Эта лодка — тайная тюрьма спецслужб, где держат самых опасных преступников, которых охраняют вооруженные до зубов солдаты. Сбежать из этой подводной тюрьмы невозможно. Однако для Уилера нет ничего невозможного. С помощью неожиданного союзника — немецкого агента Марко — Скотт попробует выбраться с подводной лодки, попутно стараясь вспомнить, как он в ней оказался.
«Черные воды» — остросюжетный триллер с Жаном-Клодом Ван Даммом и Дольфом Лундгреном в главных ролях. Это пятая совместная работа актеров и первый фильм, где они выступают в роли союзников, а не врагов.
Управление по борьбе с наркотиками предлагает заключенному Тиму Кирни, бывшему морпеху, сделку — он выходит на свободу и участвует в спецоперации под прикрытием, в качестве наркоторговца Бобби Зи, который, по слухам, умер. Эта подстава нужна для того, чтобы выменять на «Бобби Зи» находящегося в заложниках у мексиканского наркобарона Дона Гуэрто сотрудника полиции. Безопасности Тиму никто не обещает, но в случае успешно проведенной операции, никто не будет возвращать его в тюрьму, а выпутываться из лап наркоторговцем ему предстоит самостоятельно. Кирни решает рискнуть и побороться за свою свободу.