События фильма разворачиваются во время Великой Отечественной войны. Разведгруппа Одинцова во время выполнения особого задания узнает, что в госпитале немцы проводят медицинские эксперименты над детьми. Красноармейцы освобождают детей, но теперь им нужно найти для них убежище. Разведчик Иван Родин знает, что в одном из близлежащих сел есть директор школы, который может помочь. Отряд направляется в село, рискуя всем.
Зима 1945 года. Прибывших в разведроту молодых ребят без боевого опыта собирают в одно отделение под командованием старшины Ивана Родина и оставляют в тылу, в небольшом поместье, где живет бывший полковник Вермахта Готфрид Мильке и его семья. Один из бойцов обнаруживает в сарае два ящика, набитых ценностями — золотом, произведениями искусства и старинными украшениями. Хозяин поместья предполагает, что все это оставлено здесь недавно квартировавшим диверсионным подразделением СС. И вскоре выясняется, что эсэсовцы твердо намерены забрать сокровища.
«Топор 1945. Кенигсберг» — четвертая часть исторической военной драмы с Андреем Смоляковым.