События фильма «Фронт в тылу врага» охватывают события, завершающие Великую отечественную войну — период с июля 1944 года по май 1945 года. Разведывательный отряд майора Млынского совместно с польскими и чехословацкими партизанами ведут борьбу с фашистскими оккупантами. К освободительному движению присоединяются немецкие антифашисты. Третий фильм из трилогии о подвигах советских разведчиков, снятый по мотивам документального романа Семена Цвигуна «Мы вернемся!».
После оккупации Чехословакии гитлеровской Германией в 1939 году, многие покидали родину, чтобы в других странах объединиться и бороться против фашизма. В их числе был чехословацкий пилот Ян Трейбал, который уезжает в Советский союз и становится там
. Вместе с ним воюют лейтенант Александр Лежнев, весельчак подпоручик Мартин Габриэль и совсем юный и наивный Томек Яндак.