После ранения, полученного на учениях, матрос Федос Чижик не может продолжать службу на судне. Он вынужден пойти денщиком в дом капитана Лузгина. Матрос Чижик попадает под начальство молодой жены капитана — женщины красивой, но сварливой и высокомерной. Капитанша не жалует матроса, обращается с ним жестоко и без уважения. Единственной отрадой Чижику становится маленький сын хозяев Шура. Добрый и отзывчивый мальчик быстро подружился с матросом. Так, помимо поденной работы, матрос Чижик стал исполнять функции няньки барского сына.
События фильма разворачиваются во время Великой Отечественной войны в Беларуси. Бывший заведующий отделом исполкома Иван Антонюк собирает свой партизанский отряд. Не имевший ранее никакого военного опыта, Иван должен научиться принимать важные решения, от которых зависит не только его собственная жизнь, но и жизнь его партизан и родной деревни. В таких условиях Иван переживает первые потери, первые победы и настоящую любовь. «Глубокое течение» — военная драма, снятая по мотивам романов Ивана Шамякина «Снежные зимы» и «Глубокое течение».