Прошло пять лет после событий первого фильма. Знаменитые охотники за привидениями победили ужасного Гозера и ушли в тень. Люди забыли о них, равно как и о самих привидениях. Но ни те, ни другие не думали исчезать. Однажды в «Метрополитен», главный музей Нью-Йорка, привезли портрет древнего карпатского властелина Виго, и его дух вернулся к жизни на полотне. Он подчинил себе смотрителя музея Яноша и потребовал от него найти ребенка, в котором он мог бы перевоплотиться. У охотников за призраками появилась работа! К счастью, в их распоряжении есть современное оружие, которое поможет им одолеть даже самого ужасного монстра.
Корпорация «Мистерия» распадается из-за разногласий, возникших внутри команды. Все расходятся по разным направлениям, лишь Скуби-Ду со своим лучшим другом Шегги — не разлей вода. Они продолжают объедаться, веселиться и бояться всего вместе. Однажды Скуби-Ду и Шегги получают приглашение на Зловещий остров, где Эмиль Мондавариус обещает им горы вкусностей и развлечений. Поддавшись искушению, они собирают чемоданы и едут туда, но уже в аэропорту выясняется, что такие приглашения получили и Фред, Дафна и Велма. Эмиль Мондавариус зачем-то собрал Корпорацию «Мистерия» вместе.
Фред, Дафна, Вилма, Шэгги и конечно же Скуби-Ду вновь собираются в своей корпорации «Тайна», чтобы спасти город Кулсвиль от наводнения монстров. Неизвестный злодей, до поры до времени предпочитающий действовать инкогнито, решает затерроризировать город, наводнив его приведениями и монстрами. Для этого он создал специальную машину, генерирующую всяческую нечисть. Несмотря на то, что Скуби-Ду и компания сами до ужаса бояться приведений, они, преодолев свои страхи, бросаются в бой с монстрами! «Скуби-Ду 2: Монстры на свободе» — сиквел фильма «Скуби-Ду», созданного по одноименному мультсериалу.